20221202【回放】-华鹏丨单碱基对层面观测基因组高级结构
精选提问：
1.可以分析hla这个基因密集的区域吗？
2.华老师，您好，想请教两个问题，用MNase来做Hi-C，从yeast到应用到mammalian细胞，经历了五年时间，这其中遇的困难是什么？
3.华老师您好，向您请教一个实验方面的问题，用mnase酶切后连接产物差不多会达基因组大小，是什么原因呢？有没有什么解决办法？
4.如果不capture的话，要达到mcc的分辨率和分析层次，需要测多深？
5.mcc建库和普通的micro-c建库除了capture一步不一样，前面有什么差别，看文章可以不用生物素标记，这样会增加非特异互作么？
6.除了文章中的细胞，是否还在别的细胞中尝试过，我们试过microC 和MCC，失败了，发现MNase的活性很难操作。
7.CTCF降解不太影响E-P loop但是RAD21降解却显著影响，请问1. E-P loop anchor是如何建立的？
8.和hic相比，如何评估一个成功的micro-c？
9.下一步能不能区分下结构性loop和调控性loop？
10.红细胞表达PIZO1的强度是怎样的？
11.请问单细胞micro-C现在进展如何了？
12.这种方法可以分析红细胞表达piazo1吗？
13.徐:华教授，您好！我想咨询一个问题，我这边有个肿瘤易感SNP密集簇（来自GWAS数据），但这些SNP位点所在位置不在明显的开放区域，这些SNP怎么开展工作？
14.请问增强子-启动子loop anchor是什么蛋白介导建立的；cohesin是否在滑动，如何在增强子启动子互作处停止滑动？
15.LZTFL1对ACE2的作用还有进一步的实验结果吗？
16.老师用的什么牌子的MNase,用过NEB的吗？
17.只用过文章里的MNase酶吗？没有尝试过其他的吗？
18.是的，连接产物大于5kb，华老师您是怎么评估酶切之后连接效果的，是否连接成功，可以进一步建库的呢？
19.如果没有CTCF，只有coherin是否也能建立loop?
20.用的多少细胞量进行MCC实验的？
21.想问华老师有没有系统性比较过MCC和DNase-seq对转录因子footprinting有多大重合度，文章展示图里有一些footprint好像还是对不上。
22.基于您的研究和相关领域的成果，如何增强蛋白的表达水平？
23.eRNA是否在EP loop形成中有作用？
24.因为染色质染色体形成过程需要loop形成 ，所以应该可以猜测有结构性loop，也有调控性loop。找些Mark区分开或许能有利于去噪音？
25.请问现在有没有单细胞micro-C或者MCC？
26.怎么鉴定enhancer？
27.MCC的实验流程和生信分析流程都在您的文章里分享了吗？
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演讲人介绍：
华鹏：博士，2015年毕业于英国谢菲尔德大学，2015-2021年任职于牛津大学Weatherall Institute。2021年加入南京医科大学，任生殖医学国家重点实验室教授、博士生导师。华鹏博士的主要研究方向是基因组非编码区的转录调节机制，近年研究成果已发表于Nature、Nature genetics、Blood等期刊。讲座将主要介绍华鹏博士去年在nature上发表的新型3C方法Micro Capture C，首次实现了从单碱基对层面观测基因组高级结构，并且该方法已经成功应用于解析基因组非编码区的变异和疾病的关系。
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